Это хороший вопрос. Здесь важно различать человеческий гнев и то, что в Библии называется гневом Божьим.
В христианстве смертным грехом считается не любое проявление гнева, а гнев как страсть: неконтролируемая злость, ненависть, желание отомстить, причинить зло из-за обиды или эгоизма.
Когда же говорится, что Бог разгневался, имеется в виду не то, что Он "вышел из себя", как человек. Бог, согласно христианскому учению, не подвержен страстям и не теряет самообладания. Божий гнев — это образное описание Его справедливого суда и неприятия зла. Это способ человеческим языком передать, что Бог осуждает грех и восстанавливает справедливость.
Можно привести простую аналогию:
Человек может злиться из-за уязвленного самолюбия — это греховный гнев.
Судья, который выносит наказание преступнику, действует не из личной обиды, а ради справедливости. Это ближе к тому, что подразумевается под Божьим гневом, хотя и не является идеальной аналогией.
Поэтому в христианском понимании здесь нет противоречия: греховен не сам факт осуждения зла, а страстный, эгоистичный и разрушительный гнев. Божий же гнев понимается как проявление Его святости и справедливости, а не как эмоциональная вспышка.