лучше не делать с выдержкой длинной - опасно! помню делал так, поставил выдержку 2 часа и ушел. Где то через час летел вертолет с прожектором и засветил мне кадр) Так что лучше покадрово. И, кстати, какой у вас интервал между кадрами был?
Склеивала через startrails - маленькая такая программка, там еще timelapse можно делать. У моего ширика гиперфокальное расстояние начинается с 1.2 м, навела в ручном режиме фокус на бесконечность, и выбрала передний план дальше 2 м, а еще не было ветра. Скорее всего у вас размыто из-за небольшого ветра, внизу ветки резкие.